Toàn bộ nhóm đảo, Maldives, thực tế được đặt theo tên thủ đô của nó. Từ "Maldives" có nghĩa là "những hòn đảo (dives) của Malé".[7]

Những người định cư đầu tiên ở quần đảo Maldives là người Dravida[8] đến từ bờ biển lân cận tại tiểu lục địa Ấn Độ hiện đại và Ceylon. Các nghiên cứu so sánh về các truyền thống ngôn ngữ, truyền miệng và văn hóa khác của Maldives, cùng với văn hóa dân gian, cho thấy sự ảnh hưởng mạnh mẽ của người Dravida đối với xã hội Maldives, với trung tâm là Malé, từ thời cổ đại. Những người Giraavaru của đảo Giraavaru khẳng định họ có gốc từ những người định cư Tamil đầu tiên của Maldives.[9]

Người ta cho rằng những dân cư Tamil đầu tiên tới đây đã gọi quần đảo này là Malaitivu, có nghĩa là Quần đảo Vòng hoa hay Quần đảo Chuỗi. Theo truyền thuyết địa phương, các ngư dân Giraavaru thường xuyên đến một bãi cát ( finolhu ) lớn ở rìa phía nam của quần đảo san hô để làm sạch cá ngừ sau khi đánh bắt. Do có một lượng lớn nội tạng và máu cá ngừ, vùng nước xung quanh bãi cát đó trông giống như một bể máu lớn ("maa ley gandeh": "maa" (từ tiếng Phạn मह "maha", nghĩa là lớn' 'và "lē"' 'máu). Theo truyền thống, những cư dân đầu tiên của Maldives, bao gồm người Giravaru, không có vua. Họ sống trong một xã hội đơn giản và được cai trị bởi những người đứng đầu địa phương.

Tuy nhiên, một ngày nọ, một hoàng tử từ tiểu lục địa tên là Koimala đi một con thuyền lớn tới quần đảo Malé. Người dân Giraavaru phát hiện ra tàu của ông từ xa và chào đón ông. Họ cho phép Koimala định cư trên bãi cát rộng lớn đó giữa dòng nước nhuốm máu cá. Cây được trồng trên bãi cát và người ta nói rằng cây đầu tiên mọc trên đó là cây đu đủ. (Tuy nhiên, đây có thể ám chỉ bất kỳ cây ăn quả bởi từ tiếng Dhivehi cổ xưa và từ tiếng Dhivehi trong thời hiện đại, đối với trái cây (falhoa) có dạng giống như từ đu đủ.[10]) Thời gian trôi qua, người dân đảo địa phương chấp nhận sự cai trị của Hoàng tử phương Bắc. Người ta xây dựng một cung điện được xây dựng và hòn đảo có tên chính thức là Maa-le (Malé), trong khi hòn đảo gần nhất được đặt tên là Hulhu-le.

Khi Ibn Battouta tới Malé vào năm 1343, ông có những mô tả khá bao quát về thành phố cũng như toàn bộ Quần đảo Maldives. Ông nói rằng Nữ hoàng Reendi Khadeeja có một dinh thự ở Malé, mà từ các đặc điểm của nó có thể hình dung được các cung điện của những người cai trị sultan sau này ở trung tâm của hòn đảo. Trong cung điện có một số hố chứa vỏ ốc cowrie. Ibn Battouta cũng đề cập đến một số nhà thờ Hồi giáo bằng gỗ.[11]

Malé được sultan Muhammad Imaduddin củng cố vào thế kỷ 17. Ông cho người xây dựng các bức tường ở phía bắc, phía đông và phía tây của hòn đảo.Bến cảng bên trong được sử dụng bởi các tàu đánh cá và thuyền dhoni nhỏ, trong khi các tàu lớn hơn phải neo đậu ở cảng bên ngoài, giữa các đảo Vilingili và Hulhule. Hòn đảo có diện tích chưa đầy một dặm vuông và được bao quanh bởi một đầm nước nông.[11]

Malé có 2148 cư dân vào năm 1888, nhưng việc gia tăng dân số dẫn tới không đủ không gian cho nhà ở. Các pháo đài cũ và các bức tường hư hỏng bị dỡ bỏ vào giai đoạn 1925-1927 dưới triều đại của vua Muhammad Shamsuddin III, và được xây dựng lại ở quy mô nhỏ hơn. Các con đường cũng được mở rộng và làm thẳng. Các nghĩa trang cũng đã được dọn sạch để có được nhiều không gian nhà ở hơn.

Cung điện Hoàng gia (Gan'duvaru) cùng với pháo đài bị phá hủy khi thành phố được tu sửa dưới thời Tổng thống Ibrahim Nasir sau khi chế độ quân chủ bị bãi bỏ vào năm 1968. Chỉ còn lại Bảo tàng Quốc gia, dinh của vị vua cuối cùng, cũng như Nhà thờ Thứ Sáu Malé.Dân số của Malé đã sớm tăng lên 11.453 vào năm 1967 và 29.522 vào năm 1977. Để phục vụ cho dân số ngày càng tăng, đến năm 1986, đầm cạn quanh Malé đã được khai hoang.[11]

Nơi được linh thiêng nhất ở Malé là Medhu Ziyaaraiy, bên kia đường của Nhà thờ Thứ Sáu Malé: đây là nơi đặt ngôi mộ của Shaikh Abdul Barakat Yusuf, người được coi là đưa Maldives trở thành quốc gia Hồi giáo vào năm 1153.